整个问题让人困惑，因为DNA和基因这两个词的意思不同，这取决于你想要弄清楚的是什么。如果你不想通过逻辑来工作，我们讨论的是几百个基因，也许是300-1000个，这取决于你的定义。
最近一项研究得出的结论是一个有用的起点，尽管需要一些努力才能理解：我们发现，人类基因组中有一小部分（1.5 - 7%）是人类独有的，其余部分与来自ILS或混合的古人类共有谱系说白了，人类有1.5 - 7%的基因与尼安德特人、丹尼索瓦人或其他（古老的）物种的基因不同。这些基因在我们的物种从其他物种分裂后发生了变异。
这个数字和DNA差异百分比不一样。如果人类的基因和尼安德特人的基因只有微小的差别，就会被认为是不同的。
ILS这个缩写有点难以理解。当我们的祖先从那些物种中分离出来时，一些在那些物种中常见但我们没有的基因被携带了下来。例如，一些早期人类有N基因，这在尼安德特人中很常见，但在人类中很罕见。遗传学家称之为不完全血统分类（ILS）。所以，你可以把这类基因看作是我们物种和他们物种分裂时期的遗迹。
这1.5%到7%的数字不是血统比例。当你计算祖先时，你忽略了一个事实，那就是大多数人的大多数基因都是相同的。我和我妹妹有50%的共同祖先，但我们拥有的几乎所有基因都是相同的。
当科学家说我们有1% - 3%的尼安德特人和丹尼索瓦人祖先时，他们指的是来自这些物种的基因，而不管这些基因是否与我们的不同。
这就好比说我的孩子有25%是德国人。德国人的基因与波多黎各人的基本相同;唯一的区别是，其中一些基因来自北欧，而另一些来自加勒比海的一个岛屿。
如果这一切看起来难以理解，那是因为它确实难以理解。试着将这些数字与常用的统计数据进行比对，即人类和人类黑猩猩共有97-99%的DNA如果你仍然想要计数，你可以根据我们有2万个多一点的蛋白质编码基因和2万个少一点的非蛋白质编码基因这一事实来计算数字如果我有2%的基因组来自尼安德特人，那么就有400个蛋白质编码基因和400个非蛋白质编码基因。
