根据偶然的观察，当我们看到这些茎状蘑菇从森林地面生长出来时，很难不把这些生物当成植物，不是吗？直到1969年，生物学家都是这样看待它们的。很难想象这些蘑菇和培养皿上黏稠的霉菌，生长在树上的支架真菌，以及显微镜下的酵母，是同一个种类的成员。
这就是科学发挥作用的地方，用我们手头的所有工具——形态学、生理学、生物化学和遗传学——来仔细观察事物。真菌（从单细胞酵母到最大的蘑菇和支架真菌）的细胞壁由甲壳素构成（这种物质也存在于昆虫和螃蟹的外骨骼中）；植物的细胞壁是纤维素。真菌是异养的（从其他生物或其残骸吸收现成的有机营养）；大多数植物是自养的（自己制造碳水化合物）。植物是多细胞；许多真菌是单细胞的。
一旦显微镜被发现，根据一个简单的观察标准，生物就可以很容易地分为两个界：有壁的细胞是否存在。如果它有细胞，或者是带有细胞壁的单细胞，那么它就是植物，或者说是动物。这种划分是一种简洁的划分，不仅一般地组织进一步的调查，而且服务于分类学的实践。
分类法是对类型进行层次划分。使分类方案成为分类法的原因是存在一些标准，这些标准并非完全相互独立，但可能被安排为树，其中一些标准的划分级别比其他标准更高。更高层次的特征优先于它们下面的特征，这样，较低层次的划分可以被认为完全适合于更高层次的划分。在分类的时候，我们会按照这个顺序寻找这些标准，把它们都变成嵌套的集合。这不是任何分类都会自动产生的结果。例如，鞋子可能被分类，不一定是完全独立的，但仍然没有明显的等级：尺寸、颜色、款式、材料，以及它们是男鞋还是女鞋。您可以有一个5维矩阵，其中包含每种选项，并在其中放置鞋子，尽管您的许多“盒子”可能是空的，因为没有这样的选项组合存在。但举例来说，没有明显的理由先看尺寸，再看颜色;以任何特定的方式排列这些选择无助于你的思考。
另一方面，如果要对书面语言进行分类，使用分类法分类将节省您的工作。例如，一种分类方法是按字母排序还是按非字母排序，另一种方法是按字母的数量排序。但是，在第一次决定语言是按字母顺序还是按非字母顺序之前，寻找字母的数量是愚蠢的。有24个字母的语言是完全按字母排列的语言的子集。所以，尽管你可以对语言进行各种非分类的划分，但最好还是对它们进行分类。
当人们开始研究生物时，分类很快变得有意义。虽然可以根据大小、颜色或你的孩子是否喜欢吃这些标准对生物进行非分类学的分类，但分类学帮助了生物学。因为分类可以用树形结构来排列，所以也很容易将其看作是一个家族的后代树，其特征的顺序将被认为与他们的后代相类似。进一步的研究表明，这样揭示的顺序可能代表了不同基因类型的生物从同一类型的生物进化而来的实际情况。后来，多条证据表明，这确实是不同类型的生物产生的过程。
但进一步的研究表明，早期的研究建立的生物分类学中的分类等级与人们所认为的它们的血统顺序不一致。因此，在生物学中有一种倾向，即按照目前关于各种不同生物起源于单一类型的顺序来重新排序分类法。植物和动物王国也是如此。细胞壁材料的化学特性和其他证据表明，细胞壁结构在其起源的不同点上是独立发展的，而不是有壁细胞和无壁细胞的单一分裂。因此，例如，真菌和细菌的细胞壁，以及蒲公英的细胞壁，如果从分支的角度考虑，作为一个单一的标准来建立王国之间的顶级划分是没有意义的，其他所有的都是子集。相反，需要考虑两个以上这样的高级部门。（有些人着眼于这些王国的数量，并构建一个较小数量的域来包含其中的几个。）
但是从谱系的角度来看这些事情总是最有用的方式吗？不。在教授生物学时，我通常会回到2界分类法，因为既然生物体的细胞壁像真菌、植物（这里的狭义多界分类法的意思）和细菌一样具有分支多样性，由于这些生物还有许多其他的共同特征，并将它们与无壁细胞生物（无壁细胞生物现在在分支分类中包含了几个领域）区分开来，因此，不管我们如何看待它们的进化血统，将它们归类在一起是有意义的。医学界不会停止将生活在我们皮肤和消化道的真菌和细菌视为菌群。在烹饪上，没有理由不把蘑菇和球芽甘蓝一起视为蔬菜。植物学课程将把真菌作为其主题的一部分，尽管他们可能会把真菌的分类从植物分类中分离出来。
