其基本原理是，不同的组织染色剂在化学上的差异使它们能够与不同的细胞和组织成分结合，从而使它们所结合的东西呈现出不同的颜色，这样在光学显微镜下就能更容易地看到其结构细节。
未染色的动脉（g）和染色过的红细胞（h）。
通过使用具有不同亲和力的混合染色剂（染色剂和复染剂），组织学家通常会将不同的颜色赋予不同的细胞和组织成分，从而进一步增强它们之间的视觉对比度。最广泛使用的复染组合是苏木精和伊红，“H&E”，产生的粉红色和紫色的组合如此常见的组织学教学收藏。
单纯柱状上皮H&E染色。
苏木精来自于原木的心材。它是一种碱，所以它能与细胞核的核酸结合（在另一种叫做媒染剂的试剂的帮助下）并把它们染成紫色。
苏木精。
苏木精染色的标本用伊红（通常称为伊红Y）复染。
伊红Y。
曙红是酸性的，因此它对细胞质碱性成分的亲和力比对细胞核酸性成分的亲和力更强，使细胞质呈粉红色。
我一直觉得我的教学藏品中最漂亮的幻灯片是那些用三色颜料（如Masson's trichrome）制作的幻灯片。它们赋予细胞外物质如胶原蛋白蓝色或绿色。三色染色法是将标本依次浸入三种染色剂中，如苏木精、酸性品红和甲基蓝（如下图所示）或固绿（如第二张照片所示）。
两个标本，肌肉和肾脏，用马森三色染色。
污渍不仅在酸性或碱性性质上不同，而且在亲水性或疏水性方面也不同。例如，H&E染色法对脂质不起作用，因此，如果你想对脂肪细胞等细胞进行染色以显示脂质，可以使用油红O等疏水性染色剂。这必须用于新鲜组织或冰冻切片，因为H&E协议和大多数其他方法（传统石蜡包埋法）可溶解组织中的脂质。
油红O
油红O染色与H&E染色比较。左:H&E和所有的脂肪溶解，脂肪细胞(脂肪细胞)大部分是空的，组织看起来有点像铁丝网。图中:油红O为脂肪细胞内的脂质，呈鲜橙色或鲜红色。右:油红O也很好地显示了储存在肝脏中的脂质。
我不熟悉间接染色法，但读了一点。它似乎主要用于微生物学。细菌的间接(阴性)染色使细菌无色，染色背景。细菌的细胞壁和间接染色都是带负电荷的，所以细菌排斥染色，保持无色，而染色物则与周围的物质结合。
组织技术的另一个领域是用于透射电子显微镜的染色。在这里，颜色不是问题，因为显微镜不使用光。我所知道的最常见的TEM污点是四氧化锇(OsO4),重金属,结合细胞成分和电子束是不透明的,所以组件沾OsO4出现暗灰色的环境,甚至是黑色的黑色围绕这些神经纤维髓鞘这黑暗的线粒体,分别。这里的想法是阻止电子，而不是产生颜色。
四氧化锇染色的TEM图像。
OsO4在光学显微镜中也有用，例如在脂肪和神经组织的LM制剂中。
四氧化锇染色脂肪和神经组织的光镜。
染色方案中使用的组织学染色剂和其他溶液(固定剂和清除剂)在使用时必须特别注意实验室安全，避免皮肤接触或吸入蒸汽。例如，伊红Y和甲醛是已知的致癌物。OsO4是高毒性的，必须非常谨慎地使用，以避免皮肤、眼睛或呼吸暴露。
