乍一看，X染色体看起来光彩夺目，Y染色体则不那么耀眼:
然而，在这篇文章的结尾，你会意识到Y染色体有更多的特征。
那么，它们是如何从普通染色体进化而来的呢?
大约3亿年前，在一个类似爬行动物的祖先体内，一对完美的常染色体(或普通染色体)在一个转录因子基因(SOX3)突变后在Y染色体(SRY)上形成了一个决定性别的区域。
重要的是要记住，在性染色体出现之前，性别可能是由环境条件决定的，就像今天的鳄鱼一样。
在减数分裂中，染色体首先被复制，然后重组和洗牌基因。在重组中交换基因使它们“健康”(这是一种进化策略)，如果它们不交换，它们就会消失。
结果表明，Y染色体经历了一系列的染色体逆序(或突变)，每一次都减少了X和Y之间重组的区域
逆序的一个关键进化效应是抑制重组，因为重组要求序列正确排列。[精确地说，它不会，然而，如果序列不是完全对齐，重组的结果片段会产生混乱，产生不可存活的配子]
然而，X和Y的末端或伪常染色体区域(图1中黑色部分)仍然可以重组。
由于X和Y不能进行显著的重组(或交换)，Y开始丢失基因并开始缩小。这个过程接管了Y染色体的一大块(因此Y更短)，而X仍然保留了(祖先的)常染色体的大部分基因内容。
我们知道X和Y不会重组因为Y由于逆序对而发散。
我们还知道Y失去了很多基因。
这是否意味着Y染色体最终会退化?
y染色体收缩已经被线性外推了。你会发现很多关于Y染色体消失的科普文章
这个想法来源于十多年前发表的《自然》杂志的一篇社论。引用作者的话:
最初的Y染色体包含大约1500个基因，但在随后的3亿年里，除了大约50个基因外，其余的基因都失活或消失了。总的来说，每百万年有5个基因失活。Y染色体上许多失去功能的基因(假基因)的存在表明，这种减损过程仍在继续，因此，即使是这些关键基因也将失去。以目前的衰变速度，Y染色体将在大约1000万年后自毁。这种情况已经发生在鼹鼠身上，它的Y染色体(连同它的所有基因)已经完全从基因组中消失了。
然而，我们现在认为，Y染色体的退化不像我们认为的那样可能。
为什么,你问?
Y染色体是高度保守的，任意两条Y染色体只会有一个氨基酸的不同。
Y染色体携带基因组回文。由于回文的性质，Y可以与自身重新组合。这些回文被间隔物隔开，从而帮助染色体折叠回自身。
图2:Y染色体的回文和与自身重新结合的能力，仿佛它们是同源染色体。图像从[9]
这些回文也有几百万个碱基对那么长。
因为它们是回文，所以在技术上不需要交换新材料。因此，这个过程通常被称为基因转换。
基因转换有益吗?是的，举个例子，如果你的一只手臂发生了突变，那么交换另一只手臂可以修复这个突变。
总的来说，Y染色体是高度动态的，具有独特的结构。人类Y和猕猴Y的男性特定区域只差一个基因!因此，根据我们今天所知道的，Y染色体消失的可能性很小。
