进化科学做出的另一个主要预测是，所有物种都将被发现使用相同的基本结构来构建，这些结构可以通过自然方式以某种方式进行修改，然后由下一代继承。尽管全能的神创论之神本可以只使用一种建筑，但他也可以轻易地使用各种各样不相关的建筑系统——尤其是考虑到人类被认为是一种不同于动物的特殊造物。但后来人们发现，地球上所有的生命都是基于核苷酸的，几乎只以DNA的形式存在。此外，我们还了解到，DNA经常会发生突变，从而导致可遗传的变化。例如，每个人都会获得大约60个新的突变。进化理论预测了DNA和突变的存在，这是神创论无法预测的。
为了反驳这一发现，神创论者声称，一个简单的共同祖先永远不可能进化成我们今天看到的所有复杂生命，因为根据他们的说法，DNA只会失去信息，而不会获得信息，突变总是有害的。因此，他们的预测是，不存在创造新的和有益的遗传信息的机制。但随后人们发现，被称为转座子的长DNA序列会频繁地从基因组的一个部分移动到另一个部分，在这个过程中往往会自我复制，从而产生额外的基因，这些基因的突变随后会转化为新的信息。整个染色体也可以自发加倍，单是突变就可以增加或减少信息。此外，我们发现绝大多数突变是中性的，只有一小部分是有害的，一小部分是有益的。即使只是一小部分有益的突变，都是自然选择所需要的，以导致进化的发生。
但这并不是进化论对DNA的全部预测。如果所有的生命都是基因相关的，那么在基于身体特征的进化树上与人类更接近的物种也应该比那些不太相似的物种共享更高的DNA比例。毫无疑问，我们现在知道人类与其他人类共享大约99.5%的基因，与黑猩猩共享98%的基因，与猴子共享93%，与老鼠共享92%，与猫共享90%，与狗共享84%，与牛共享80%，与鸡共享60%，与果蝇共享44%，与酵母共享26%，与植物共享18%，与细菌共享7%。神创论不可能预测我们会与其他物种共享任何基因，更不可能预测共享基因的比例会与进化树一致。即使是对接受有限进化的神创论者来说，共享基因也是一个问题，因为它显示了圣经中种类之间的基因联系，而这是他们永远不会预测到的。他们可能预测的是某种机制会阻止基因将物种进化成一种新的种类，但没有证据表明任何这种机制存在。
不仅如此，在最近的几十年里，我们发现DNA以可预测的速度突变，我们可以利用任何两个物种之间的DNA差异来确定这两个物种是在多久以前从一个共同的祖先进化而来的。这个分子钟的结果与进化树和化石记录的辐射定年法非常吻合。再说一遍，神创论无法预测这一点，但这正是你所期望看到的，如果进化论是正确的。
然而，当研究人员发现黑猩猩、大猩猩和红毛猩猩有24对染色体，而人类只有23对染色体时，神创论者兴奋地终于有了一个不符合进化模型的基因发现。这似乎支持了他们的说法，即我们与类人猿没有血缘关系，那么进化论是如何解释这一点的呢？基因研究人员做出了一个可验证的预测，如果进化是正确的，那么在人类基因组的某个地方就会有两条染色体融合在一起的证据。
染色体中间有一个独特的结构，称为着丝粒，两端还有一个帽状结构，称为端粒。因此，一对在一端融合在一起的染色体会有两个着丝粒和嵌入其中的两个端粒，以及两个端帽端粒。果然，研究人员在人类的一条染色体上发现了精确的融合结构。此外，他们还发现，单个融合的人类染色体上的基因与两个融合的黑猩猩染色体上分裂的基因是匹配的。进化论的预言再一次被证明是正确的，而神创论的预言失败了。
另一个来自DNA的证据是假基因的存在，也被称为死亡基因。这些基因已经失活，通常是因为一个物种不再需要它们来生存，所以它们不再被选择。例如，所有灵长类动物都缺乏产生维生素C的能力。这可能是因为在我们祖先的饮食中有大量的维生素C，因此构建维生素C的基因不提供生存优势，这使得它能够积累破坏性的突变。所有灵长类动物仍然拥有制造维生素C的DNA序列，但缺失了一种重要的酶，这种酶会导致基因变得不活跃。同样，海豚也有探测水和空气中气味的基因。然而，由于它们不再是陆地动物，它们在探测空气中的气味方面几乎没有用处，现在80%的这些基因已经失去了活性。而且，只有最原始的哺乳动物——鸭嘴兽和多刺的食蚁兽——会产卵，但所有其他哺乳动物都含有死亡的产生卵黄囊的基因。例如，人类胚胎有一个退化的卵黄囊，在怀孕的第二个月分离并被身体重新吸收。如果所有的物种都是原始的完美造物，那么这些来自远古祖先的死亡基因的存在就毫无意义了。因此，它们的存在是反对完美创造者的证据。伪基因只有在自然携带祖先基因包袱的进化中才有意义。
另一个来自DNA的证据来自另一种死亡基因，称为内源性逆转录病毒（ERVs）。逆转录病毒通过将它们的DNA插入宿主细胞的DNA来繁殖。在极少数情况下，它们会在宿主的生殖细胞中留下死亡的基因，然后将这些基因传递给该宿主的所有后代。这些死去的基因就像条形码一样。因此，如果两个不同的物种在它们基因组的相同位置拥有相同的erv，这表明这两个物种拥有一个共同的祖先，该祖先在成为两个不同的物种之前被感染。例如，人类基因组包含6个以上的erv，它们也是黑猩猩共有的，这只有在我们曾经拥有共同祖先的情况下才有意义。这是大自然携带祖先包袱的另一个例子，我们希望以此来看看进化论是否正确。另一方面，神创论会预测这样的联系不应该存在，而且它也没有可信的解释。
