因为你需要准备你的生物样本在电子显微镜下可见。电子有质量。重原子对电子的影响很大，而轻原子的影响很小。大多数生物物质是由轻元素组成的。因此，为了获得EM图像，样品必须准备好增强对比度，通常是通过沉积重金属。
对于透射电子显微镜来说，你必须有一个非常薄的样品。所以样品被冷冻，用非常锋利的刀片切割。对生物来说不是很好。所有的电子显微镜都是在真空中工作的，而这是生活所厌恶的。你用大量的能量轰击它们，所以这往往不会让生物样本高兴——如果它们不是已经在真空中，事先冷冻，切片到微米厚，并涂上重金属。
病毒是否活着是一个哲学问题；这不会改变你研究它们的方式。当然，电子显微镜是一种分析病毒的有效方法，尽管标准电子显微镜与我们现在拥有的其他工具相比用处有限。有一种令人惊奇的下一代电子显微镜叫做低温电子显微镜，它可以计算出病毒蛋白质的原子细节，这被证明是非常有用的。
