我将讨论组蛋白的一般修饰（包括乙酰化、磷酸化和甲基化），因为基因表达是由组蛋白修饰的各种组合调节的。
大多数组蛋白修饰构成了表观遗传密码的一部分，这意味着组蛋白修饰的某些组合可以在决定以下方面发挥作用：
- 哪些 DNA 结合蛋白与染色质区域相关
- 染色质的浓缩程度
- 染色质是活跃的还是被抑制的
以下是组蛋白修饰如何调节基因转录的简单总结：
但事实上，事情没那么简单。不同的组蛋白修饰组合是必要的，以确定何时何地一个特定的基因应该表达。这些组合反过来又决定了什么样的蛋白质与染色质结合，从而决定了染色质的转录状态。
例如，染色质的传统分类为常染色质和异染色质。常染色质通常被认为是由基因组的活跃转录区域组成，在RNA聚合酶和乙酰化组蛋白中富集，因为乙酰化通常被认为会减少dna -组蛋白的相互作用，使染色质更容易转录。另一方面，异染色质被认为是受抑制的，相对浓缩，并包含多种组蛋白标记。
有趣的是，实际上有更多种类的染色质不仅仅是原核染色质和异染色质。最近在果蝇上的一项研究表明，至少有五种类型的染色质，并且每种类型与不同的转录水平、组蛋白标记和相关蛋白有关（见系统蛋白定位揭示了果蝇细胞中五种主要的染色质类型）。
作者将这些染色质命名为蓝色、绿色、黑色、红色和黄色（因为色度=颜色）。以下是五种不同类型染色质的总结：
还需要注意的是，这些染色质类型的基因在不同组织之间没有保守的表达水平。例如，作者发现，虽然大多数在黑色染色质中发现的基因通常表达水平低，但有一组基因在果蝇的睾丸中表达异常高。
