只有两只眼睛（而不是一只或四只）的原因可能是胚胎发育和进化的限制。
身体通常是对称的，几乎在多细胞动物的整个进化过程中都是如此。所以左右复制是默认的，这使得一只眼睛发育困难。
从历史上看，两只眼睛的优势是两倍的视力。在大多数动物（昆虫、鱼类、爬行动物、鸟类、啮齿动物）中，每只眼睛都控制着身体的一半。人类和猴子的不同之处在于，它们的眼睛都是向前看的，有重叠的视野，并且它们的眼窝可以在广阔的视野内旋转。这使得3D立体视觉成为可能。猫头鹰的眼睛朝前，有立体视觉，可以帮助捕猎。
但为什么不超过两只眼睛呢？视力对人类来说非常重要，多一双眼睛似乎很有用。蜘蛛有8只眼睛，有些水母有24只眼睛。
“只有两个”的原因可能是由于进化过程的限制。两只眼睛的身体结构可以追溯到5亿年前的鱼类，涵盖了所有的脊椎动物。眼睛是如此的复杂和专门化，以至于在个体基因突变的序列中，可能不存在一种渐进的方法来将两只功能正常的眼睛变成四只。（相反，肋骨、脊椎、手指和脚趾偶尔也会多出。）哺乳动物确实有额外的眼睛，这是因为整个面部或头部（部分）是复制的，而且存活率很低。
另外，人类眼睛的复杂性还在于，视网膜的左侧与大脑的左侧相连，反之亦然。这发生在一种叫做视交叉的神经交叉中。这样大脑的每一边都能接收到两个重叠的额叶视觉区域，从而实现三维立体深度视觉。
因此，增加额外的眼睛将需要相当多的额外复杂的电路，这是进化不容易渐进完成的。
